А попробуй использовать не по времени, которое на машине, а по времени с момента запуска сервера, например как у меня для обычной эпохи рестарт каждые четыре часа.
<job id="5">
<time>034500</time>
<delay>000000</delay>
<day>1,2,3,4,5,6,7</day>
<loop>0</loop>
<cmd>say -1 Внимание! Автоматический рестарт сервера через 15 минут.</cmd>
<cmdtype>0</cmdtype>
</job>
<job id="6">
<time>035500</time>
<delay>000000</delay>
<day>1,2,3,4,5,6,7</day>
<loop>0</loop>
<cmd>say -1 Внимание! Автоматический рестарт сервера через 5 минут. Советую всем выйти во избежание отката персонажа.</cmd>
<cmdtype>0</cmdtype>
</job>
<job id="7">
<time>035900</time>
<delay>000000</delay>
<day>1,2,3,4,5,6,7</day>
<loop>0</loop>
<cmd>say -1 Внимание! Автоматический рестарт сервера через 1 минуту.</cmd>
<cmdtype>0</cmdtype>
</job>
<!-- 06:00 restart -->
<job id="8">
<time>040000</time>
<delay>000000</delay>
<day>1,2,3,4,5,6,7</day>
<loop>0</loop>
<cmd>#shutdown</cmd>
<cmdtype>0</cmdtype>