Они инитятся у тебя, но это не значит что загружаются в таком порядке уже при работе сервера. Оно же видно в подгруженном массиве модов у тебя, сначала идет клиент, потом серверный список. Я как понимаю, после инициализации сервер их сам переставляет в памяти в нужном порядке, потому иниты идут в одном порядке, а обработка в памяти при работе уже самого сервера в другом совсем. Надо проверять на необходимых тебе функциях.
Возьми например нужный тебе мод клиентский, впиши в него лог-строку одну на нужной тебе комманде для переписывания.
Потом в серверных впиши в той же функции, что переписываешь ее. И сравни что получится уже по этим текстовым меткам. Там как ни крути, уже порядок обработки фактический будет показан. И от этого отталкиваться. А что они при подгрузке сервера наменяли один бог их знает, так как раньше и на ; в конце строки с модами не обращал внимания движок, а теперь обращает.
Я вообще еще на 1.10 и 1.11 наблюдал весьма чудесную штуку на удаленке у знакомого при тестах, когда суешь скрипты в 5_mission и у тебя OnInit два раза отрабатывает с них, первый раз когда идет прогрузка скриптов до миссии на запуске сервера, второй раз при чтении именно миссии инита. И получалось так что один и тот же скрипт в памяти 2 раза висел. Вот чет похожее у тебя походу.